Identification of five sea cucumber species through PCR-RFLP analysis     

Yingchun Lv  Rong Zheng  Tao Zuo  Yuming Wang  Zhaojie Li  Yong Xue  Changhu Xue  Qingjuan Tang 《中国海洋大学学报(英文版)》2014,13(5):825-829

Sea cucumbers are traditional marine food and Chinese medicine in Asia. The rapid expansion of sea cucumber market has resulted in various problems, such as commercial fraud and mislabeling. Conventionally, sea cucumber species could be distinguished by their morphological and anatomical characteristics; however, their identification becomes difficult when they are processed. The aim of this study was to develop a new convenient method of identifying and distinguishing sea cucumber species. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of mitochondrial cytochrome oxidase I gene (COI) was used to identifing five sea cucumber species (Apostichopus japonicus, Cucumaria frondosa, Thelenota ananas, Parastichopus californicus and Actinopyga lecanora). A 692 bp fragment of COI was searched for BamHI, KpnI, PstI, XbaI and Eco31I restriction sites with DNAMAN 6.0, which were then used to PCR-RFLP analysis. These five sea cucumber species can be discriminated from mixed sea cucumbers. The developed PCR-RFLP assay will facilitate the identification of sea cucumbers, making their source tracing and quality controlling feasible.  相似文献   

栅格电子地图的无损压缩新方法     

李云锦  梁鹏 《测绘科学》2014,39(9)

JBIG在压缩灰度或彩色图像时,需要将图像分解为多个位面,编解码效率低而且难以利用位面之间的相关性.文章提出了RBMA方法,首先将像素值转换为引用值,然后使用多重算术编码压缩引用值,避免了位面分解.实验表明,RBMA方法与JBIG相比不仅成倍提高了编解码效率,而且提高了约40％的压缩比.GIF以一维的形式编码像素,在处理相同颜色区域时存在字典条目长度增长缓慢的问题.本文提出的LZWB方法将具有相同颜色的区域特殊编码,只输出色块的颜色、色块宽度与高度.实验表明,LZWB提高了约20％的压缩比,解码速度约为GIF的3.7倍.  相似文献   

Cloning of Na~+/H~+ antiport gene from Dunaliella salina     

KONG Fanjing  CHEN Susu 《《地质学报》英文版》2014,88(Z1):78-79

正1 Introduction Dunaliella Salina,which taxi Dunaliella,Volvocales,Chlorophyceae Chlorophyta,is unicell algae with double flagllum at top,and cup shaped chloroplast without cell wall.Dunaliella Salina is the most salt tolerance eucaryotes.It can grow at the range of salt concentration  相似文献   

TYLCV-CHI侵染诱导的抗病毒 GFP标记的载体构建     

Chen Gang 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2000,30(Z1):19-24

以CTAB法提取含有番茄黄化曲叶病毒TYLCV-CHI病原的烟草曲 叶病烟草DNA为模板,扩增该病毒外壳蛋白启动子序列,克隆到pGEM7Z载体上,在启动子下 游连接上能表达毒素蛋白的RNase基因和终止子NOS,最终将构建的基因转移到带有绿色荧光 蛋白GFP的植物表达载体上,构建了通过病毒侵染后激发病毒外壳蛋白启动子从而表达毒素 基因,产生毒素杀死病毒防止感染继续扩散的自我保护机制的基因工程植物表达载体。  相似文献   

大口黑鲈(Micropterus salmoides)致病性维氏气单胞菌的分离鉴定及其特性分析     

雷宁  郝贵杰  黄爱霞  王雨辰  林锋  沈小明  朱俊杰 《海洋与湖沼》2022,53(5):1180-1188

大口黑鲈(Micropterus salmoides)是我国重要的淡水养殖经济鱼类品种,目前包括细菌性疾病在内的诸多因素影响了其养殖业的健康发展。维氏气单胞菌是引起淡水鱼败血症和溃疡综合征的重要病原菌。从患病大口黑鲈肝脏组织中分离到1株病原菌,通过形态学观察、生理生化特性分析、16S rRNA序列和特定毒力基因分析对其进行鉴定,并通过人工回归感染试验和药敏试验分析其致病性和耐药性。结果表明该菌为致病性维氏气单胞菌(Aeromonas veronii),含有aer、act、lip、fla、gcaT和OMPA I等毒力基因;药敏试验显示其对头孢曲松、氯霉素、氟苯尼考、强力霉素、四环素、多粘菌素、复方新诺明、左氟沙星等8种抗生素高度敏感,对新霉素、恩诺沙星、庆大霉素、链霉素、阿齐霉素、环丙沙星等6种抗生素中度敏感,对其他8种抗生素具有一定耐药性;人工回归感染实验表明该菌具有较高的致病性,对大口黑鲈的半致死浓度为1.4×10⁶ CFU/mL。维氏气单胞菌是水产养殖中的条件性致病菌,研究结果揭示了该菌株的部分生物学特性,有利于丰富维氏气单胞菌属的基础数据,同时也为鲈鱼养殖过程中的病害防控提供了一定的参考依据。  相似文献   

波吉卵囊藻胞外滤液对铜绿微囊藻转录水平的影响     

王孝谦  黄翔鹄  李长玲  罗国玲  张宁  王新宇  张玉蕾 《广东海洋大学学报》2021,(2)

【目的】探索波吉卵囊藻胞外滤液对铜绿微囊藻的抑制机理。【方法】采用Illumina平台,对使用BG11培养基(对照组)和波吉卵囊藻胞外滤液(实验组)培养的铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行通路富集分析,并对部分差异表达基因进行qRT-PCR验证。【结果】与对照组相比,波吉卵囊藻胞外滤液处理后的铜绿微囊藻组中筛选1483个表达差异显著的基因,其中上调表达基因788个,下调表达基因695个。GO功能分析将差异基因划分为35个子类别,包括催化活性、结合、代谢过程、细胞过程、膜、膜部分等。KEGG通路分析中,所有差异基因聚集在108个通路,其中84个差异基因注释在代谢功能类别中,而氧化磷酸化通路富集最显著。氧化磷酸化通路中,相关基因表达以上调为主(26个DEGs,20个上调,6个下调)。qRT-PCR验证结果与转录组测序结果的表达变化趋势一致。【结论】波吉卵囊藻滤液引起铜绿微囊藻氧化磷酸化途径上基因表达上调,ATP合成效率提高。  相似文献   

溶藻弧菌asp基因在大肠杆菌中表达活性研究及条件优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

蔡双虎  鲁义善  吴灶和  简纪常  汤菊芬  黄郁葱 《广东海洋大学学报》2008,28(3)

为进一步研究溶藻弧菌碱性丝氨酸蛋白酶(ASP)蛋白生物学活性和功能,将构建的pET23d-asp在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,对表达产物进行纯化分析,并优化表达条件。结果表明:在咪唑洗脱缓冲液浓度为100 mmol/L时,表达的可溶性ASP被大量洗脱,纯化的ASP相对分子质量约为42 000,具有蛋白活性;在诱导温度28℃、异丙基-β-D硫代半乳糖苷(Isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside,IPTG)浓度1 mmol/L及诱导时间16 h时,表达的活性ASP蛋白最多。  相似文献   

Profiling Planctomycetales diversity with reference to anammox‐related bacteria in a South China Sea,deep‐sea sediment     

Qinglong Shu  Nianzhi Jiao 《Marine Ecology》2008,29(4):413-420

A systematic assessment of Planctomycetales diversity in a South China Sea, deep‐sea sediment (1657 m) was conducted using the 16S rRNA gene analysis approach. PCR amplification of the samples from seven sediment layers (0.1, 1, 3, 5, 7, 9 and 11 m below the surface sediment) using the primer set Pla‐46‐F/1392‐R showed that the Planctomycetales existed within a limited range of sediment depths (≤ 5 m), and had a decreasing trend in diversity with increasing depth. The majority of the retrieved Pla‐46‐F/1392‐R sequences belonged to Pirellula‐related Planctomycetales, and two sequences retrieved from the 0.1‐m layer (GenBank accession numbers: DQ996944 and DQ996945 ) shared the same anammox‐related signature oligonucleotides and were closely related to commonly recognized anammox organisms. To identify new anammox‐related biomarkers, three primer sets were designed for amplifying the fragments of hydroxylamine oxidoreductase and S‐adenosylmethionine radical enzyme genes, but no related sequences were found. Our multiple 16S rRNA gene primer sets (Journal of Rapid Methods and Automation in Microbiology, 2008, in press) revealed even an higher diversity of Planctomycetales in the 0.1‐m layer of the sediment, especially at genus level. Our data profiled the distribution pattern of Planctomycetales diversity along sediment depths, and provided molecular evidence for the existence of anammox‐related bacteria in a new location, which broadens our understanding of Planctomycetales diversity in deep sea sediments.  相似文献   

基于COI序列的翡翠股贻贝Perna viridis线粒体遗传特性分析及其近缘种间的系统关系探讨   总被引：1，自引：0，他引：1  

位正鹏  孔晓瑜  吴相云  喻子牛 《热带海洋学报》2009,28(6):72-78

应用通用引物 COIL 1490和 COIH 2198对翡翠股贻贝Perna viridis的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增，获得661bp长度的COI基因片段，经过比对性腺与体细胞的COI片段，发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型，即体内只有一种线粒体DNA类型，没有发现双单性遗传现象，雌、雄性腺的COI基因片段变异率很低（0.31%）。应用PAUP构建了NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树，对股贻贝属3种间的系统关系进行了分析，结果表明，翡翠股贻贝P. viridis与P. canaliculus 和 P. perna 之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。  相似文献   

黄斑篮子鱼去毒相关基因的克隆与肝脏组成型表达分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

王琳  梁旭方  林群  李光照  胡永乐 《热带海洋学报》2009,28(6):79-87

从基因水平探讨海洋鱼类对海洋藻毒素的去毒分子机理。采用RT-PCR法成功克隆了黄斑篮子鱼Siganus oramin肝脏I时相代谢酶细胞色素P450 1A(CYP1A)、II时相代谢酶alpha型谷胱甘肽S-转移酶(GSTA)和rho型谷胱甘肽S-转移酶(GSTR)、热休克蛋白70 (HSP70)、alpha 1型钠钾ATP酶(ATP1A1)及β-肌动蛋白(beta-actin, ACT)基因cDNA核心序列，序列分别长879 bp、582 bp、588 bp、660 bp、749 bp和554 bp。序列同源性分析发现，属鲈形目的黄斑篮子鱼CYP1A、GSTA和GSTR与同属鲈形目的牙鲆Paralichthys olivaceus、欧洲鲽Pleuronectes platessa、真鲷Pagrus major、鲤形目的斑马鱼Brachydanio rerio 相应氨基酸序列同源性较高，CYP1A和GSTA与非洲爪蟾(两栖类)、鸡(鸟类)、小鼠、大鼠和人(哺乳类)相应氨基酸序列同源性低，这可能与鱼类I、II时相去毒酶基因承担水环境毒素去毒代谢的特殊功能有关；而HSP70、ATP1A和β-肌动蛋白在鱼类、两栖类、鸟类、哺乳类中均有较高的同源性，这可能与这些基因在机体中承担的最基本的生命功能相关。应用半定量RT-PCR的方法，以β-肌动蛋白作为外参照，在指数期增长范围内分别得到了CYP1A、GSTA、GSTR、HSP70和ATP1A1 mRNA与β-肌动蛋白mRNA (%)的比值，确定黄斑篮子鱼肝脏去毒相关基因的组成型表达水平。其中，黄斑篮子鱼肝脏CYP1A、GSTA和GSTR基因组成型表达相对较高，HSP70和ATP1A1基因组成型表达相对较低，这可能与不同基因在黄斑篮子鱼海洋藻毒素去毒分子机理中承担的作用相关，为海洋藻毒素在海洋鱼类中的积聚及代谢去毒分子机制的研究提供了相关数据。  相似文献